认证机构经过 SQFI 授权，有权开展 SQF 审计和颁发 SQF 证书。SQFI 授权的认证机构必须得到国际标准 ISO/IEC 17065 的认可，并且其认证活动每年必须接受 SQFI 授权认可机构的评估。供应商必须始终与认证机构签订协议，概括提供的 SQF 审计和认证服务。协议至少应包括：

i. 审计范围及开展和最终完成审计预计所需的时间，以及报告要求；

ii. 认证机构的收费结构；

iii. 颁发、撤销或暂时吊销 SQF 证书所依据的条件；及

iv. 认证机构的申诉、投诉和争议处理程序。

授权认证机构的最新名单可咨询上海谦易，中国现在授权审核的有7家机构。SQF 评估数据库中也列出了认证机构的名单，供应商注册后可在线申请报价或选择认证机构。

寻求实施多场地 SQF 计划（参考模块 16）的供应商必须在其向认证机构递交的申请中说明这一点。与认证机构签订的协议中必须包含协商一致的多场地计划，包括中心场地的识别以及次级场地的数量和名称。