SQF认证分为三个等级，供应商必须根据客户需求及供应商食品安全和质量管理体系的建立阶段选择三个认证等级之一。三个认证等级描述如下：

1 级 食品安全基本原则：适用于新企业或发展中企业的入门级，仅涵盖 GAP/GMP/GDP 要求和食品安全的基本要素（模块 2）；

2 级 基于 HACCP 的认证食品安全计划：包含所有 1 级体系要求，另外还要求完成对产品及其相关工艺的食品安全风险分析，以确定危害及为消除、预防或减少危害而采取的措施。级别 2 必须包含模块 2 中的体系要素；

3 级 综合食品安全和质量管理体系：包含所有 1 级和 2 级体系要素，并要求完成对产品及其相关工艺的食品质量风险分析以及已采取措施防止出现质量不良问题。级别 3 必须包含模块 2 中的体系要素。